武隆以其獨特的地理位置和地貌形態, 形成特殊氣候環境,,也形成了異常豐富的動植物資源,使之成為我國植物資源最富饒的地區之一。
其中白馬山自然保護區被譽為“生物基因庫”,林區內天然生長著亞熱帶常綠闊葉林,其中屬國家重點保護的植物多達36l種,其中荷葉鐵線蕨、水杉、銀杉、鵝掌秋具有極高物種保護價值。國家一類保護植物有銀杉、水杉、珙桐等;二類保護植物有荷葉鐵線族、杜仲、銀杏、鵝掌秋、水青樹等;三類保護植物有楠木、幀南、穗花杉、銀鵲樹、七葉樹、黃蓮、厚樸、蘭果杜鵲、天麻等。已發現珍貴樹銀杉450余,樹齡最大的335年以上,最大的銀杉高28m,胸徑35.3cm。天麻、黃蓮、黨參、三七、杜仲等中草藥材遍生。充足的食源和原始的棲息生境, 是不同野生動物賴以生存和棲息的源泉, 孕育了白馬山種類繁多、形態結構豐富的動物資源。有國家一級保護動物華南虎(曾經有)、云豹、黑葉猴、白葉猴等;有二級保護動物小熊貓、靈貓、林麂、水獺等。鳥類32余科130余種,有國家二級禽類紅腹角雉、白冠長尾雉、鷹、鵑等。經常出沒的有麂子、豹、相思鳥、貓頭鷹、紅腹錦雞、獼猴、野豬、野兔等。
瑰麗壯觀,秀水碧波,絲竹垂吊江邊,古樹如虬參天,時而水平如明鏡魚翔淺底,時而灘急似銀河猴躍群山的芙蓉江風景區不僅贏得了“一川游盡畫圖中”美譽,更是生物資源的大寶庫。據悉,芙蓉江峽谷內共有植物558種,野生動物238種,其中國家一級保護動物5種,二級保護動物19種,最具觀賞價值的動物有獼猴群、野雞群、畫眉、相思鳥、白鷺等,當然最珍貴的還是全球只剩下2000多只,國家一級保護動物——黑葉猴了。